当方でわかる範囲でお答えします。
まずチラーヂンの件ですが、同一薬で規格違いか、隔日投与の例ではないかと思いますが・・・・

Ｒｐ１．チラーヂン５０　１Ｔ　１Ｘ朝　　９０日
Ｒｐ２．チラーヂン２５　１Ｔ　１×朝　　９０日

１、２の交互服用

上記のような例ではないでしょうか？
この場合は、１ますに両方をいれ９０日処方として計算しか出来ません。
何故と言われても困るのですが、昔からの調剤指針にも掲載してある様な例です。
今まで紙で通っていたなら単なる見落としだと思われます。
以下の様な場合も同様です。
Ｒｐ１．　テオドール１００　１Ｘ朝　　１４日
Ｒｐ２．　テオドール２００　１Ｘ夕　　１４日

このような場合、レセに記入する時は

テオドール１００　１Ｔ
テオドール２００　１Ｔ　　２Ｘ朝夕　　１４日　　

朝１００ｍｇ、夕２００ｍｇとでも適応欄に記載するか、それぞれ別枠にして２剤目の
調剤料を消すと言うやり方しかありません。現行のＲＰＰＭＡＮでは調剤料を消すと言うやり方は出来ませんので、工夫が必要です。

ラキソベロンに付いては、若しご希望の様な記載が出来る様になったとしても、検査前日分とは記載されない方が無難です。査定材料を与えるようなものです。
ローカルルールがあるので現地の社保委員さんにでも確認してから書く様にしないと査定されます。検査に使用するための薬剤は処置で院内処方で処理するべきもので、院外処方に出してはいけないものです。この場合は院内処方と院外処方が同時にされていても大丈夫なはずです。
とにかく地元の薬剤師会側の委員さんにまずご相談されてから記載されますように。