RPPCFG.txtはどうなっていますか
ここの調整しか無いと思いますが
下記のようにすれば４２点になるはずですが


BASMODE = 0                ;0:42点 1:19点
YKKMODE = 0                ;0:保険薬局 1:基準薬局1 2:基準薬局2

RPPCFG.txtが前のものが残っているとしか考えられないのですが