青木さん、こんばんは

推測に過ぎませんが、オリジナルソフトの判断はユーザーの数であろうと考えます。
２００名ほどの会員数がある愛知県では通常のレセコンとして扱われます。

審査側のシステムは支払い基金と国保連合会で共通のソフトを使っています。
そのために提出するデーターのファイル名が全く同じという、可笑しな仕様に成っておりまして注意が必要な点です。個々の判断は基金が主導していると思います。

今のＲＰＰはテスト期間でＦＤ提出によりバグを洗う作業中です、次に出るバージョン３で本格対応となりますから、年明け２月には回線の準備が必要とお考え下さい。