榊原さん、おはようございます。

ソフトの計算が間違っている場合は、手動で伝送用のファイルを修正していただく形になります。
ただ、ソフトの計算が間違っているかどうかの検証には公費の種類、処方内容、計算された点数、本来の点数が必要です。具体的に書いていただけないでしょうか。