えんこうさんへ。

「いいえ」でＣＳＶファイルの再読み込みでは、警告等は表示されません。
これは、ｖ２でもｖ３でも同じ仕様と思います。

＞これは連合会に５１患者を削除したデータを送ることになりませんか？

当方は今回ｖ３のＣＳＶで請求しました。
その際何回も「いいえ」を使って編集しました。
５１患者のデータは間違いなくあります。

「H21/07のCSVファイルが既に存在しています。
再計算をして上書きしてよろしいですか？」
と表示されたら・・・

１回目「はい」で再起動して２回目「いいえ」
該当の５１患者を「印刷」から検索してみる追試を！
お手数ですがもう一度お願いできますか？

５１患者は削除されてないハズです。