一度バージョン３を２月の終わりにインストールしているのではないでしょうか？

バージョン３のインストール時にバージョン２のデータをコンバートするのは最初の時だけです。つまり、マイドキュメントに「ＲＰＰＣＡＬ」のホルダーが出来ていると、バージョン２からのデータコンバートは行なわれません。ソフトのみの入れ替えになります。

逆に言えば、マイドキュメントの「ＲＰＰＣＡＬ」ホルダーを削除してバージョン３をインストールするとデータコンバートが行なわれます。