小林さん、こんにちは。

ソフトハウスさんからの回答です。

現在のRPPMANv3では、
・ インストール先には配布物を全て展開
・ 実行時にマイドキュメント以下に「更新分」を反映
させるようになっています。

更新処理では、「配布物の状態」と「ユーザデータの状態」を比較しているため、これらは別々に置かれている必要があります。
このため、インストール先には「マイドキュメント\RPPCAL」以外を指定願います。