熊木さん、こんばんは。

> ①処方入力画面で「摘要」欄の入力文字数は何文字でしょうか？
> 　半角・全角混ぜて入力するとレセプト送信時はねられることがあります。

http://www.ssk.or.jp/rezept/iryokikan/download/files/jiki_t01.pdf

電子レセプト作成の手引き（調剤）によると７６バイトとありますので３８文字でしょうか。
半角文字は全角に変換されてしまうと使用だったと思います。

> ②用法入力の最下行「印刷用」欄に入力すると、薬剤情報提供書の場合、
> 　その剤の全ての薬品にに同じコメントが付きます。１剤だけに例えば
> 「朝２錠・　夕１錠」「食直後」などと付けたい場合いい方法がございま
> 　すでしょうか

今の所、別剤扱いにして入力するしかないと思います。
食直後に関しては私の場合「用法設定」で例えば朝食後の選択肢に「朝食後」と「朝食直後」を作って別剤のように扱って薬袋なども作っています。レセプト上はどちらも「朝食後」です。