gou　さん、こんばんは。

外用剤の分割調剤という状況を初めて目にしましたので、保険部会の方に問い合わせたところ、

・頓服薬や外用薬の分割調剤は可能。
・1調剤単位の調剤料については、2回目以降も前回算定分を差し引く必要がなく、算定してよい。

とのことでしたので、今の状況はあっていないようです。
再度調査して対応いたしますのでしばらくお待ちください。