どうやらシステムフォントを置き換えていたことが原因のようです。

ビットマップフォントのギザギザした表示が嫌で、下記サイトを参考にMeiryoKeGothicに置き換えるためレジストリを修正していましたが、レジストリを元に戻すと文字化けしなくなりました。

http://okrchicagob.blog4.fc2.com/blog-entry-94.html#comment93

文字化けする箇所は一部だけなので、プログラミングにおけるフォントやエンコード指定方法がその箇所だけ異なっているのかもしれません(可能であれば修正していただきたいですが…)。

ご迷惑をお掛けいたしました。