ＴＳさん、こんばんは。

> 毎月、自費診療の患者さんのRE,行を削除しレセプト請求しています。

自費患者さんは保険番号など空白の状態にしてあれば、集計の対象にはならないはずですが・・・
保険調剤と自費調剤が混在する患者さんでも、自費分処方の患者情報の保険番号などを空白にして保存すれば良いです（Ｄｏ処方するとその時点の患者情報を持って処方入力されますので、「保険公費」ボタン（Ｆ７）で保険番号など消去します）。


> CYOファイルの総件数と総合計点数が実際の数値と異なる場合があります

こちらは「？」です。