「マスターファイル管理」より「医薬品の改定分マスターをダウンロード」を行ってください。
これにより、医薬品マスターの過去の変更点が取得され、調剤日に応じてその時の薬価が使用されるようになります。
（ファイルサイズの関係でインストーラーには同梱していないため、ダウンロード操作が必要です。）