状況がいまいちよく解らないのですが、電子レセを作成してその編集画面でのことでしょうか？

普通に処方入力画面で、54公費の方なら入力の際に「負担金額」ボタンで自己負担上限額と処方発行元で払った一部負担金の入力をする窓が開きます。
そちらで入力してテストしていただけると助かります。