その後の経過を報告します。

「結果登録エラー」
https://www.rppman.com/bbs/20251004084826

の問題が解決したのちに、在庫管理Ver3.1.3の挙動が変わりました。
YAKSUB20を読み込みますか(yes/no)
はい(y)を選択するとYAKSUB20確認中となり、その後に起動します。
いいえ(n)を選択すると即起動します。

これは正常に動いているのではないかと思います。
いかがでしょうか？